Мы готовы помочь в борьбе с Зика
Feb. 15th, 2016 05:37 pm![[personal profile]](https://www.dreamwidth.org/img/silk/identity/user.png){kind=small}
paroh8 февраля 2016
Кратко:
Так как вспышка Зика распространяется и волонтеры World Community Grid спрашивают может быть ли быть использована их пожертвованная вычислительная мощность, чтобы помочь найти новые вакцины или терапию, мы активно ищем исследователей Зика, которым необходимо проводить вычислительные исследования.
На прошлой неделе Всемирная организация здравоохранения объявила глобальную чрезвычайную ситуацию в области общественного здравоохранения в связи с распространением вируса Зика, который может быть связан с врожденными дефектами у новорожденных, чьи матери заражены, а также неврологическими расстройствами. Благодаря вкладу более 700000 физических лиц и 470 организаций World Community Grid уже обеспечил важные научные достижения в области рака у детей, солнечной энергии и чистой воды. Мы сейчас активно ищем новые возможности для применения этого свободного и мощного ресурса для преодоления кризиса Зика и начали переговоры с несколькими исследователями и организациями, чтобы выяснить, как World Community Grid может помочь. В частности мы хотим обеспечить вычислительную мощность для исследователей Зика, желающих провести вычислительные исследования, такие как эксперименты стыковки виртуальных препаратов, чтобы обнаружить лечение для заболевания.
Мы понимаем срочность этой работы и имеем опыт организации по выполнению быстрого реагирования для решения важнейших потребностей общественного здравоохранения, такие как запуск Outsmart Ebola Together (перехитрим Эболу вместе), который начал поиски противовирусных препаратов для Эболы на пике вспышки 2014-го. В течение 6 месяцев, 30000 наших добровольцы отскринили более 5-ти миллионов кандидатов, которые потенциально могут быть использованы для лечения заболеваний, связанных с семьей филовирусов, в том числе вирусов Марбурга, Судан и Рестон.
Кроме того, через проект Discovering Dengue Drugs Together (обнаружение лекарств для лихорадки денге), World Community Grid поддерживал поиск лекарственных средств, которые помогут бороться с лихорадкой денге, разрушительное разносимое комарами заболевание, которое, как полагают, имеют сходство с Зика. В ходе этого проекта, волонтеры World Community Grid отскринили 3 млн химических соединений, что приводит исследователей к идентификации перспективных молекул, которые могут иметь потенциал, чтобы отключить вирус денге. Химики работают над модификацией молекул различными способами, надеясь повысить их эффективность, прежде чем приступить к дальнейшей проверке.
Мы приветствуем предложения о проведении исследований любого размера и обладаем способностью обеспечивать массивную вычислительную мощность, совершенно бесплатно. Например, два наших проекта соответственно считаются крупнейшим экспериментом по стыковке лекарств и крупнейшим экспериментом по квантовой химии из когда-либо проводившихся на сегодняшний день.
Существующие инструментальные средства.
В то время как мы приветствуем предложения, которые используют любые вычислительные инструменты, следующие программные средства уже готовы для работы на World Community Grid, и проект, использующий один из этих инструментов, может быть налажен очень быстро.
AutoDock и AutoDock VINA (наиболее широко используемые и цитируемые во всем мире программы стыковки, обе разработанные научно-исследовательским институтом Скриппса). Эти инструменты были использованы в ряде медицинских научно-исследовательских проектов World Community Grid и могут оказаться полезными для исследования Зика.
BEDAM - Академическое влияние (молекулярные симуляции). Этот инструмент в настоящее время используется на нашем проекте FightAIDS@Home для скрининга лучших кандидатов из скринингов VINA.
Rosetta (сворачивание белков)
LAMMPS (молекулярная динамика)
CHARMM (молекулярная динамика)
Gromacs (молекулярная динамика)
Q-Chem (квантовая химия)
SSearch (сравнение генома)
Любые ученые, имеющие опыт в области исследований Зика, которые связаны с или планирующие проекты, требующие большой вычислительной мощности, могут связаться с World Community Grid. Мы благодарим многих энтузиастов из World Community Grid, которые уже проявили заинтересованность в содействии борьбе с вирусом Зика.
источник
Кратко:
Так как вспышка Зика распространяется и волонтеры World Community Grid спрашивают может быть ли быть использована их пожертвованная вычислительная мощность, чтобы помочь найти новые вакцины или терапию, мы активно ищем исследователей Зика, которым необходимо проводить вычислительные исследования.
На прошлой неделе Всемирная организация здравоохранения объявила глобальную чрезвычайную ситуацию в области общественного здравоохранения в связи с распространением вируса Зика, который может быть связан с врожденными дефектами у новорожденных, чьи матери заражены, а также неврологическими расстройствами. Благодаря вкладу более 700000 физических лиц и 470 организаций World Community Grid уже обеспечил важные научные достижения в области рака у детей, солнечной энергии и чистой воды. Мы сейчас активно ищем новые возможности для применения этого свободного и мощного ресурса для преодоления кризиса Зика и начали переговоры с несколькими исследователями и организациями, чтобы выяснить, как World Community Grid может помочь. В частности мы хотим обеспечить вычислительную мощность для исследователей Зика, желающих провести вычислительные исследования, такие как эксперименты стыковки виртуальных препаратов, чтобы обнаружить лечение для заболевания.
Мы понимаем срочность этой работы и имеем опыт организации по выполнению быстрого реагирования для решения важнейших потребностей общественного здравоохранения, такие как запуск Outsmart Ebola Together (перехитрим Эболу вместе), который начал поиски противовирусных препаратов для Эболы на пике вспышки 2014-го. В течение 6 месяцев, 30000 наших добровольцы отскринили более 5-ти миллионов кандидатов, которые потенциально могут быть использованы для лечения заболеваний, связанных с семьей филовирусов, в том числе вирусов Марбурга, Судан и Рестон.
Кроме того, через проект Discovering Dengue Drugs Together (обнаружение лекарств для лихорадки денге), World Community Grid поддерживал поиск лекарственных средств, которые помогут бороться с лихорадкой денге, разрушительное разносимое комарами заболевание, которое, как полагают, имеют сходство с Зика. В ходе этого проекта, волонтеры World Community Grid отскринили 3 млн химических соединений, что приводит исследователей к идентификации перспективных молекул, которые могут иметь потенциал, чтобы отключить вирус денге. Химики работают над модификацией молекул различными способами, надеясь повысить их эффективность, прежде чем приступить к дальнейшей проверке.
Мы приветствуем предложения о проведении исследований любого размера и обладаем способностью обеспечивать массивную вычислительную мощность, совершенно бесплатно. Например, два наших проекта соответственно считаются крупнейшим экспериментом по стыковке лекарств и крупнейшим экспериментом по квантовой химии из когда-либо проводившихся на сегодняшний день.
Существующие инструментальные средства.
В то время как мы приветствуем предложения, которые используют любые вычислительные инструменты, следующие программные средства уже готовы для работы на World Community Grid, и проект, использующий один из этих инструментов, может быть налажен очень быстро.
AutoDock и AutoDock VINA (наиболее широко используемые и цитируемые во всем мире программы стыковки, обе разработанные научно-исследовательским институтом Скриппса). Эти инструменты были использованы в ряде медицинских научно-исследовательских проектов World Community Grid и могут оказаться полезными для исследования Зика.
BEDAM - Академическое влияние (молекулярные симуляции). Этот инструмент в настоящее время используется на нашем проекте FightAIDS@Home для скрининга лучших кандидатов из скринингов VINA.
Rosetta (сворачивание белков)
LAMMPS (молекулярная динамика)
CHARMM (молекулярная динамика)
Gromacs (молекулярная динамика)
Q-Chem (квантовая химия)
SSearch (сравнение генома)
Любые ученые, имеющие опыт в области исследований Зика, которые связаны с или планирующие проекты, требующие большой вычислительной мощности, могут связаться с World Community Grid. Мы благодарим многих энтузиастов из World Community Grid, которые уже проявили заинтересованность в содействии борьбе с вирусом Зика.
источник
