поиск новых подходов для атаки Эболы
Nov. 25th, 2015 02:40 pm![[personal profile]](https://www.dreamwidth.org/img/silk/identity/user.png){kind=small}
parohАвтор: Erica Saphire Ollmann, кандидат наук
Научно-исследовательский институт Скриппса
6 октября 2015
Краткое изложение.
Усилия смоделировать совпадения между кандидатами соединений и одним ключевым вирусным белком Эбола в значительной степени завершены. Моделирование совпадений против другого недавно обнаруженного белка-мишени начинаются в настоящее время. Даже пока работа моделирования продолжается, команда начинает анализировать эти результаты и фокусировать внимание на соединениях, которые могут стать основой для новых эффективных лекарств против лихорадки Эбола и других связанных с ними заболеваний. Благодаря вашей помощи и новому гранту работа идет хорошо.
Благодаря усилиям тысяч членов World Community Grid, моя команда продолжает делать успехи в проекте Outsmart Ebola Together (перехитрим Эболу вместе), целью которого является найти новые лекарства для лечения лихорадки Эбола и связанной с ней опасной для жизни вирусной геморрагической лихорадки.
Outsmart Ebola Together начался с изучения потенциальных лекарственных атак против рецепторсвязывающего участка поверхностного гликопротеина вируса Эбола (GP). Затем мы объявили о начале работы над второй целью лекарства: нуклеопротеина (НП) вируса лихорадки Ласса. В частности, мы ищем лекарства, которые атакуют недавно открытый "экзонуклеазный участок" Ласса НП. Этот экзонуклеазный участок помогает скрыть присутствие вируса от зараженной клетки человека, уничтожая собственное избыточное вирусное производство двухцепочечной РНК.
У нас есть с тех пор подготовленные исследовательские задачи для тестирования экзонуклеазного участка Ласса NP против миллионов потенциальных лекарственных препаратов. Эти задачи в настоящее время готовы к использованию и будут разосланы добровольцам World Community Grid в ближайшие месяцы.
Наша лаборатория также исследует белки Эбола NP и VP35. НП и VP35 должны участвовать в серии специфических взаимодействий друг с другом, по мере того, как вирус Эбола реплицируется. Эти недавно обнаруженные взаимодействия потенциально могут быть нарушены новыми лекарственными препаратами, что делает возможным использовать NP и VP35 в качестве будущих целей для исследования Outsmart Ebola Together.
На этом этапе в проекте мы собрали достаточно данных, которые нам нужны, чтобы начать фокусироваться на процедурах анализа уже вернувшихся от добровольцев World Community Grid данных. Мы должны проанализировать данные для обоих рецепторсвязывающего участка Эбола GP и экзонуклеазного участка Ласса НП и наши процедуры анализа должны быть достаточными, чтобы отфильтровать ложные срабатывания от большого количества возвращенных результатов.
Для каждого участка вирусного белка, испытываемого нами, по отношению к потенциальным лекарственным препаратам, мы заверяем правильность нашего анализа следующим образом: мы выбираем практически аналогичный участок (как правило из другого вируса), для которого существуют экспериментальные данные о потенциальных лекарственных препаратах, которые связывают или не связывают их на участке. Мы тогда подстраиваем наши протоколы анализа, чтобы при применении на этом участке наши результаты анализа точно соответствовали известным экспериментальным результатам. Только когда это будет сделано мы чувствуем, что мы можем с уверенностью применять те же протоколы анализа на интересующем участке.
В частности, этим летом мы внимательно посмотрели на оптимизацию анализа для экзонуклеазного участка Ласса НП. В качестве аналогичного хорошо изученного участка, мы выбрали "рибонуклеазу H области" обратной транскриптазы ВИЧ, который имеет сильное сходство к экзонуклеазным участком Ласса НП в его структуре белка и использования каталитических ионов металлов. Оптимизация наших протоколов анализа экспериментальных данных против рибонуклеазы H области ВИЧ завершена, и мы с нетерпением ждем прихода данных по экзонуклеазе Ласса НП, как только они обработаются добровольцами World Community Grid. Кандидаты препаратов, которые пройдут этап анализа, пойдут в следующий раунд экспериментов, проводимых в лаборатории, а не с помощью компьютерного моделирования.
Мы также рады сообщить, что $50000 грант для поддержки этой работы был предоставлен Robert Wood Johnson Foundation President’s Grant Fund из Princeton Area Community Foundation. С этим грантом и обширными вычислительными ресурсами World Community Grid наш путь к успешному завершению проекта ясен.
Как всегда, мы заканчиваем с благодарностью добровольцам, которые запускают эту работу для нас. Как вы можете видеть, мы уже достигли значительного прогресса, но еще много работы предстоит сделать. Убедитесь, что вы зарегистрировались внести, чтобы свой вклад в этот проект и распространяете информацию о нашей, спасающей жизни, работе!
Оригинал статьи
Научно-исследовательский институт Скриппса
6 октября 2015
Краткое изложение.
Усилия смоделировать совпадения между кандидатами соединений и одним ключевым вирусным белком Эбола в значительной степени завершены. Моделирование совпадений против другого недавно обнаруженного белка-мишени начинаются в настоящее время. Даже пока работа моделирования продолжается, команда начинает анализировать эти результаты и фокусировать внимание на соединениях, которые могут стать основой для новых эффективных лекарств против лихорадки Эбола и других связанных с ними заболеваний. Благодаря вашей помощи и новому гранту работа идет хорошо.
Благодаря усилиям тысяч членов World Community Grid, моя команда продолжает делать успехи в проекте Outsmart Ebola Together (перехитрим Эболу вместе), целью которого является найти новые лекарства для лечения лихорадки Эбола и связанной с ней опасной для жизни вирусной геморрагической лихорадки.
Outsmart Ebola Together начался с изучения потенциальных лекарственных атак против рецепторсвязывающего участка поверхностного гликопротеина вируса Эбола (GP). Затем мы объявили о начале работы над второй целью лекарства: нуклеопротеина (НП) вируса лихорадки Ласса. В частности, мы ищем лекарства, которые атакуют недавно открытый "экзонуклеазный участок" Ласса НП. Этот экзонуклеазный участок помогает скрыть присутствие вируса от зараженной клетки человека, уничтожая собственное избыточное вирусное производство двухцепочечной РНК.
У нас есть с тех пор подготовленные исследовательские задачи для тестирования экзонуклеазного участка Ласса NP против миллионов потенциальных лекарственных препаратов. Эти задачи в настоящее время готовы к использованию и будут разосланы добровольцам World Community Grid в ближайшие месяцы.
Наша лаборатория также исследует белки Эбола NP и VP35. НП и VP35 должны участвовать в серии специфических взаимодействий друг с другом, по мере того, как вирус Эбола реплицируется. Эти недавно обнаруженные взаимодействия потенциально могут быть нарушены новыми лекарственными препаратами, что делает возможным использовать NP и VP35 в качестве будущих целей для исследования Outsmart Ebola Together.
На этом этапе в проекте мы собрали достаточно данных, которые нам нужны, чтобы начать фокусироваться на процедурах анализа уже вернувшихся от добровольцев World Community Grid данных. Мы должны проанализировать данные для обоих рецепторсвязывающего участка Эбола GP и экзонуклеазного участка Ласса НП и наши процедуры анализа должны быть достаточными, чтобы отфильтровать ложные срабатывания от большого количества возвращенных результатов.
Для каждого участка вирусного белка, испытываемого нами, по отношению к потенциальным лекарственным препаратам, мы заверяем правильность нашего анализа следующим образом: мы выбираем практически аналогичный участок (как правило из другого вируса), для которого существуют экспериментальные данные о потенциальных лекарственных препаратах, которые связывают или не связывают их на участке. Мы тогда подстраиваем наши протоколы анализа, чтобы при применении на этом участке наши результаты анализа точно соответствовали известным экспериментальным результатам. Только когда это будет сделано мы чувствуем, что мы можем с уверенностью применять те же протоколы анализа на интересующем участке.
В частности, этим летом мы внимательно посмотрели на оптимизацию анализа для экзонуклеазного участка Ласса НП. В качестве аналогичного хорошо изученного участка, мы выбрали "рибонуклеазу H области" обратной транскриптазы ВИЧ, который имеет сильное сходство к экзонуклеазным участком Ласса НП в его структуре белка и использования каталитических ионов металлов. Оптимизация наших протоколов анализа экспериментальных данных против рибонуклеазы H области ВИЧ завершена, и мы с нетерпением ждем прихода данных по экзонуклеазе Ласса НП, как только они обработаются добровольцами World Community Grid. Кандидаты препаратов, которые пройдут этап анализа, пойдут в следующий раунд экспериментов, проводимых в лаборатории, а не с помощью компьютерного моделирования.
Мы также рады сообщить, что $50000 грант для поддержки этой работы был предоставлен Robert Wood Johnson Foundation President’s Grant Fund из Princeton Area Community Foundation. С этим грантом и обширными вычислительными ресурсами World Community Grid наш путь к успешному завершению проекта ясен.
Как всегда, мы заканчиваем с благодарностью добровольцам, которые запускают эту работу для нас. Как вы можете видеть, мы уже достигли значительного прогресса, но еще много работы предстоит сделать. Убедитесь, что вы зарегистрировались внести, чтобы свой вклад в этот проект и распространяете информацию о нашей, спасающей жизни, работе!
Оригинал статьи
