![[personal profile]](https://www.dreamwidth.org/img/silk/identity/user.png){kind=small}
parohКросспост в ![[livejournal.com profile]](https://www.dreamwidth.org/img/external/lj-community.gif)
ru_crunching.
"Краткое содержание.
Хотя работа продолжается, достаточно данных уже были обработаны для того, чтобы команда Mapping Cancer Markers начала определять некоторые сигнатуры и ассоциировать их с конкретными биомаркерами рака легких. Конечной целью является нахождение сигнатур, которые служат отличительным признаком многих видов рака, давая врачам и исследователям еще один инструмент, чтобы улучшить выявление, лечение и исходы пациентов.
Новый этап MCM открытия биомаркеров рака легких.
После долгого первого этапа разведочного анализа, Mapping Cancer Markers (MCM) начали новый, более целенаправленный этап анализа рака легких в апреле 2015-го. Обработка результатов от первого этапа показали, подмножество примерно 1% биомаркеров, которые часто встречаются в некоторых сигнатурах. Второй этап исследования MCM рака легких будет сосредоточен на сигнатурах, взятых из этого подмножества биомаркеров.
Среди первых вопросов исследования, на которые мы нацелены отвечать на второй стадии, являются данные о характере успешных сигнатур и ограниченном пространстве сигнатур. Будет ли подмножество биомаркеров в изучаемой стадии лучше различать рак легких в образцах тканей? Будет ли эффект от длины сигнатуры (количество биомаркеров) на выполнение сигнатуры, которые мы заметили в исследовательской стадии также появляются в этой суженном пространстве сигнатуры? Какие паттерны биомаркеров характеризуют наиболее активные сигнатуры рака? Большинство биологических функций достигается несколькими генами (или белками), участвующими в скоординированной сети или сигнальном каскаде (проводящих путях), так можем ли мы обнаружить пары или более крупные группы биомаркеров, которые часто сосуществуют в успешных сигнатурах? Будут ли эти группы биомаркеров соотносится с известными биологическими сетями, или же успешные сигнатуры обязательно обращают их членов из составных сетей?
Достаточно результатов второго этапа было возвращено, чтобы позволить нам начать предварительный анализ. Одна из главных целей второго этапа заключается в выявлении высокоактивных сигнатур рака. Мы использовали результаты первого этапа, чтобы сузить поле потенциальных биомаркеров с 22,000+ до подмножества 223.
Короткие или длинные сигнатуры?
Один из вопросов, которым может заинтересоваться сообщество добровольцев, может быть таким: "почему мы продолжаем фокусироваться на более коротких сигнатурах гена, если тренд в данных показывает, что длинные сигнатуры гена работают лучше. Несмотря на эту тенденцию, бОльшая генетическая сигнатура может более предсказывающей, но не всегда лучшей. Одна из причин практическая. БольшАя часть работы в области выявления биомаркеров имеет конечной целью производство сигнатур, которая может быть переведена на клиническое испытание. Технико-экономическое обоснование и экономика будет играть важную роль на этом этапе. Процесс перемещения результата исследования через тестирование и утверждение является длительным и сложным, так что 10-ти геновую сигнатуру проще и дешевле перевести чем 65 геновую сигнатуру. Жизнеспособность размеров генетической сигнатуры грубо ориентируется, как мы определяем наши нижние и верхние пределы поиска размер для проекта MCM.
Пары биомаркеров.
Одна из наших целей в анализе генетических сигнатур - посмотреть на меньшие комбинации генов и выявить группы генов, которые связаны с исходом пациента в подобной манере (то есть они могут предоставить альтернативные варианты для сигнатуры). Это важно по целому ряду причин. С аналитической стороны, если мы можем найти два гена, которые выполняют почти то же самое, то успешная генетическая сигнатура, скорее всего, только одна из них. Это поможет нам уменьшить пространство поиска, но также, найти альтернативы. С практической стороны, одна из двух (или более) альтернатив может быть проще довести до клинической практике. Таким образом, мы стремимся, чтобы найти несколько сигнатур, и охарактеризовать их с точки зрения их отношений. Еще одна причина, чтобы посмотреть на комбинации генов включает наблюдение, того могут ли два гена иметь биологическую причину для связи. Это особый рак, поразивший два гена, в одно и то же время? Нарушен ли конкретный биологический путь? Эти виды вопросов можно объяснить различия между пациентами или почему некоторые люди лучше реагируют на конкретные методы лечения. Эти вопросы, которые гораздо дальше по пути научно-исследовательской работы, но мы хотели бы коснуться их, чтобы сообщество осознало, где в источнике информации ваши вклады помогли, а также то, что еще нужно сделать. Если пара (или бОльшая группа) генов, связанны с болезнью, сигнатуры, содержащие эти гены или связанные или родственные биомаркеры должны выполняться хорошо."
Статья полностью (англ.)
Кранчинг. Как присоединиться?
ru_crunching."Краткое содержание.
Хотя работа продолжается, достаточно данных уже были обработаны для того, чтобы команда Mapping Cancer Markers начала определять некоторые сигнатуры и ассоциировать их с конкретными биомаркерами рака легких. Конечной целью является нахождение сигнатур, которые служат отличительным признаком многих видов рака, давая врачам и исследователям еще один инструмент, чтобы улучшить выявление, лечение и исходы пациентов.
Новый этап MCM открытия биомаркеров рака легких.
После долгого первого этапа разведочного анализа, Mapping Cancer Markers (MCM) начали новый, более целенаправленный этап анализа рака легких в апреле 2015-го. Обработка результатов от первого этапа показали, подмножество примерно 1% биомаркеров, которые часто встречаются в некоторых сигнатурах. Второй этап исследования MCM рака легких будет сосредоточен на сигнатурах, взятых из этого подмножества биомаркеров.
Среди первых вопросов исследования, на которые мы нацелены отвечать на второй стадии, являются данные о характере успешных сигнатур и ограниченном пространстве сигнатур. Будет ли подмножество биомаркеров в изучаемой стадии лучше различать рак легких в образцах тканей? Будет ли эффект от длины сигнатуры (количество биомаркеров) на выполнение сигнатуры, которые мы заметили в исследовательской стадии также появляются в этой суженном пространстве сигнатуры? Какие паттерны биомаркеров характеризуют наиболее активные сигнатуры рака? Большинство биологических функций достигается несколькими генами (или белками), участвующими в скоординированной сети или сигнальном каскаде (проводящих путях), так можем ли мы обнаружить пары или более крупные группы биомаркеров, которые часто сосуществуют в успешных сигнатурах? Будут ли эти группы биомаркеров соотносится с известными биологическими сетями, или же успешные сигнатуры обязательно обращают их членов из составных сетей?
Достаточно результатов второго этапа было возвращено, чтобы позволить нам начать предварительный анализ. Одна из главных целей второго этапа заключается в выявлении высокоактивных сигнатур рака. Мы использовали результаты первого этапа, чтобы сузить поле потенциальных биомаркеров с 22,000+ до подмножества 223.
Короткие или длинные сигнатуры?
Один из вопросов, которым может заинтересоваться сообщество добровольцев, может быть таким: "почему мы продолжаем фокусироваться на более коротких сигнатурах гена, если тренд в данных показывает, что длинные сигнатуры гена работают лучше. Несмотря на эту тенденцию, бОльшая генетическая сигнатура может более предсказывающей, но не всегда лучшей. Одна из причин практическая. БольшАя часть работы в области выявления биомаркеров имеет конечной целью производство сигнатур, которая может быть переведена на клиническое испытание. Технико-экономическое обоснование и экономика будет играть важную роль на этом этапе. Процесс перемещения результата исследования через тестирование и утверждение является длительным и сложным, так что 10-ти геновую сигнатуру проще и дешевле перевести чем 65 геновую сигнатуру. Жизнеспособность размеров генетической сигнатуры грубо ориентируется, как мы определяем наши нижние и верхние пределы поиска размер для проекта MCM.
Пары биомаркеров.
Одна из наших целей в анализе генетических сигнатур - посмотреть на меньшие комбинации генов и выявить группы генов, которые связаны с исходом пациента в подобной манере (то есть они могут предоставить альтернативные варианты для сигнатуры). Это важно по целому ряду причин. С аналитической стороны, если мы можем найти два гена, которые выполняют почти то же самое, то успешная генетическая сигнатура, скорее всего, только одна из них. Это поможет нам уменьшить пространство поиска, но также, найти альтернативы. С практической стороны, одна из двух (или более) альтернатив может быть проще довести до клинической практике. Таким образом, мы стремимся, чтобы найти несколько сигнатур, и охарактеризовать их с точки зрения их отношений. Еще одна причина, чтобы посмотреть на комбинации генов включает наблюдение, того могут ли два гена иметь биологическую причину для связи. Это особый рак, поразивший два гена, в одно и то же время? Нарушен ли конкретный биологический путь? Эти виды вопросов можно объяснить различия между пациентами или почему некоторые люди лучше реагируют на конкретные методы лечения. Эти вопросы, которые гораздо дальше по пути научно-исследовательской работы, но мы хотели бы коснуться их, чтобы сообщество осознало, где в источнике информации ваши вклады помогли, а также то, что еще нужно сделать. Если пара (или бОльшая группа) генов, связанны с болезнью, сигнатуры, содержащие эти гены или связанные или родственные биомаркеры должны выполняться хорошо."
Статья полностью (англ.)
Кранчинг. Как присоединиться?
