![[personal profile]](https://www.dreamwidth.org/img/silk/identity/user.png){kind=small}
paroh19 августа 2016
Кратко:
Доктор Алессандра Карбоне, ведущий исследователь проекта Help Stop Muscular Dystrophy (помогите остановить мышечную дистрофию), не так давно создала в соавторстве документ, который использует данные World Community Grid, чтобы пролить свет на то как белки функционируют и взаимодействуют друг с другом.
Доктор Алессандра Карбоне, возглавлявшая Help Stop Muscular Dystrophy, недавно опубликовала статью, которая использовала данные проекта для изучения принципа действия белка и белок-белкового взаимодействия.
Белками являются крайне важные молекулы, участвующие в биологических процессах и механизмах в клетках. Их взаимодействие друг с другом и другими молекулами контроль и выполнение своих функций. Таким образом, важно понять взаимодействуют ли они и, в частности, как они взаимодействуют. Сложные поверхности белков представляют паттерны притяжения и отталкивания электрических зарядов, которые соответствуют в той или иной степени противоположной картине зарядов на других поверхностях молекул. Понимание того, какие из возможно многих участков поверхности белка являются наиболее ответственными за реакции с другими молекулами и белками является ключевым для понимания их функций.
Эта статья в открытом доступе описывает усилия исследователей и полезные методы в идентификации и классификации участков поверхностного взаимодействия белков с использованием результатов, рассчитанных в рамках первого этапа проекта Help Cure Muscular Dystrophy, который работал на World Community Grid с декабря 2006 года по июнь 2007 года.
Информация
Название доклада: Продолжительные взаимодействия: Как связывание некорректных партнеров может научить нас о распознавании и функции белка.
Авторы: Лиди Vamparys, Benoist Laurent, Алессандра Карбоне, Софи Sacquin-Mora
"Так же как мы не можем ожидать от каждого члена группы одинакового поведения, белок не всегда поступает и связывается способом, который мы ожидаем, неважно насколько точной или детализированной может быть наша модель"
Цитата выше из статьи. Для дальнейшего изучения, исследователи планируют применять инструменты анализа из этого эксперимента с результатами от 2-го этапа проекта Help Cure Muscular Dystrophy.
Авторское краткое изложение содержания
Белок-белковые взаимодействия играют ключевую роль в большинстве биологических процессов и понимание их механизма является фундаментальной проблемой приводящей к многочисленным практическим применениям. Предсказание белковых участков связывания, в частности, имеет первостепенное значение, так как белки в настоящее время представляют собой важный класс терапевтических мишеней. Среди других методов, моделирование стыковки между двумя белками, известными по взаимодействию, может быть полезным инструментом для предсказания вероятных лоскутков связывания на поверхности белка. Из анализа белковых интерфейсов, сгенерированных массивным кросс-стыковочным экспериментом с использованием 168-ти белков Docking Benchmark 2.0, где все возможные пары белков, а не только экспериментальные, были пристыкованы вместе, мы показали, что также возможно предсказать связывающие остатки белка не имея каких-либо предварительных знаний о его потенциальных партнерах по взаимодействию. Оценка эффективности кросс-докинг прогнозирования с использованием области под специфично-чувствительной ROC кривой (AUC) приводит к AUC значению 0.77 для полного теста (по сравнению с 0,5 AUC значением, полученным для случайных предсказаний). Кроме того, новый кластерный анализ выполняется на связывание патчей (лоскутков), которые разбросаны на поверхности белка, показывает, что их распределение и рост будет зависеть от функциональной группы белка. Наконец, в ряде случаев, предсказания связывающих участков, вытекающие из кросс-докинг моделирования, приводят к идентификации альтернативного интерфейса, который соответствует взаимодействию с биомолекулярным партнером, не включенным в первоначальный тест.
новость на англ.
Кратко:
Доктор Алессандра Карбоне, ведущий исследователь проекта Help Stop Muscular Dystrophy (помогите остановить мышечную дистрофию), не так давно создала в соавторстве документ, который использует данные World Community Grid, чтобы пролить свет на то как белки функционируют и взаимодействуют друг с другом.
Доктор Алессандра Карбоне, возглавлявшая Help Stop Muscular Dystrophy, недавно опубликовала статью, которая использовала данные проекта для изучения принципа действия белка и белок-белкового взаимодействия.
Белками являются крайне важные молекулы, участвующие в биологических процессах и механизмах в клетках. Их взаимодействие друг с другом и другими молекулами контроль и выполнение своих функций. Таким образом, важно понять взаимодействуют ли они и, в частности, как они взаимодействуют. Сложные поверхности белков представляют паттерны притяжения и отталкивания электрических зарядов, которые соответствуют в той или иной степени противоположной картине зарядов на других поверхностях молекул. Понимание того, какие из возможно многих участков поверхности белка являются наиболее ответственными за реакции с другими молекулами и белками является ключевым для понимания их функций.
Эта статья в открытом доступе описывает усилия исследователей и полезные методы в идентификации и классификации участков поверхностного взаимодействия белков с использованием результатов, рассчитанных в рамках первого этапа проекта Help Cure Muscular Dystrophy, который работал на World Community Grid с декабря 2006 года по июнь 2007 года.
Информация
Название доклада: Продолжительные взаимодействия: Как связывание некорректных партнеров может научить нас о распознавании и функции белка.
Авторы: Лиди Vamparys, Benoist Laurent, Алессандра Карбоне, Софи Sacquin-Mora
"Так же как мы не можем ожидать от каждого члена группы одинакового поведения, белок не всегда поступает и связывается способом, который мы ожидаем, неважно насколько точной или детализированной может быть наша модель"
Цитата выше из статьи. Для дальнейшего изучения, исследователи планируют применять инструменты анализа из этого эксперимента с результатами от 2-го этапа проекта Help Cure Muscular Dystrophy.
Авторское краткое изложение содержания
Белок-белковые взаимодействия играют ключевую роль в большинстве биологических процессов и понимание их механизма является фундаментальной проблемой приводящей к многочисленным практическим применениям. Предсказание белковых участков связывания, в частности, имеет первостепенное значение, так как белки в настоящее время представляют собой важный класс терапевтических мишеней. Среди других методов, моделирование стыковки между двумя белками, известными по взаимодействию, может быть полезным инструментом для предсказания вероятных лоскутков связывания на поверхности белка. Из анализа белковых интерфейсов, сгенерированных массивным кросс-стыковочным экспериментом с использованием 168-ти белков Docking Benchmark 2.0, где все возможные пары белков, а не только экспериментальные, были пристыкованы вместе, мы показали, что также возможно предсказать связывающие остатки белка не имея каких-либо предварительных знаний о его потенциальных партнерах по взаимодействию. Оценка эффективности кросс-докинг прогнозирования с использованием области под специфично-чувствительной ROC кривой (AUC) приводит к AUC значению 0.77 для полного теста (по сравнению с 0,5 AUC значением, полученным для случайных предсказаний). Кроме того, новый кластерный анализ выполняется на связывание патчей (лоскутков), которые разбросаны на поверхности белка, показывает, что их распределение и рост будет зависеть от функциональной группы белка. Наконец, в ряде случаев, предсказания связывающих участков, вытекающие из кросс-докинг моделирования, приводят к идентификации альтернативного интерфейса, который соответствует взаимодействию с биомолекулярным партнером, не включенным в первоначальный тест.
новость на англ.
