![[personal profile]](https://www.dreamwidth.org/img/silk/identity/user.png){kind=small}
parohКросспост в ![[livejournal.com profile]](https://www.dreamwidth.org/img/external/lj-community.gif)
ru_crunching.
В прошлом году мы рассказали вам о прогрессе, сделанным нашей командой в фильтрации результатов расчетов на World Community Grid и выявления перспективных соединений-кандидатов для проверки в лаборатории. С тех пор мы завершили процесс фильтрации и выявили более 100 соединений, про которые моделирование предсказало, что они должны эффективно связываться с целью - белком PDB:3MJY в паразите лейшманиоза. Тем не менее, единственный способ быть уверенным, это переместить эти соединения в тестировании в пробирке. Из-за ограниченного финансирования, мы сосредоточились на 10 соединениях с высоким прогнозируемым рейтингом, и обнаружили, что 4 из них продемонстрировали положительные результаты в тестах в пробирке, а один показывает исключительно перспективный результат. Это означает, что в пробирке соединения убивают паразитов эффективно, не затрагивая клетки человека.
Таблица 1. В результатах пробирке из 4-х лучших выбранных соединений против белка PDB: 3MJY в соответствии со стратегией виртуального скрининга.
Соединение цитотоксичность (LC50) противопаразитарная (ЕС50) Избирательность (IS)
3MJYsZ04 7.5 ± 1.1 1.6 ± 0.3 4.7
3MJYcZ03 >200 19.2 ± 2.3 >10.4
3MJYcZ10 >200 13.4 ± 1.0 >14.9
3MJYcZ01 >200 0.7 ± 1.0 >285.7
Amphotericine B 42.1 ± 2.0 0.04 ± 0.01 1052.5
Соединение 3MJYcZ01 является очень хорошим кандидатом, и будет оцениваться и оптимизировано в дальнейших экспериментах. Результаты этих испытаний станут основой статьи, которую мы в настоящее время заканчиваем и почти готовы послать в академический журнал.
Из-за высокой частоты успеха нашего экрана (т.е. 40% соединений протестированных нами показали хороший результат в пробирке), мы считаем, что было бы очень полезно проверить оставшиеся соединения, которые мы определили в нашем первоначальном экране, и мы по-прежнему ищем финансирование, чтобы сделать это возможным. Кроме того, следующий шаг для соединений, уже испытанных в пробирке, чтобы перейти к тестированию в естественных условиях, и этот процесс требует дополнительного времени и денег. К сожалению, нет Crowdsourced инициативы, как World Community Grid, которые могут поддерживать тестирование в лаборатории!
Поддержка научно-исследовательского сообщества
Еще один важный аспект нашей работы делает результаты доступными для других исследователей, так что мы уже представили наши находки как на национальном так и на международном мероприятии. Кроме того, мы планируем представить полную сводку новостей нашей работы на 3-м Колумбийском конгрессе по вычислительной биологии и биоинформатике, в Медельин, в сентябре 2015 года. Для помощи тем, кто не может присутствовать, мы будем предоставлять доступ к публичной базе данных с соответствующим сродством предсказаний для всех рецепторов и проанализированных соединений, после публикации статьи и экспериментальных проверок некоторых хитов.
Кроме того, один из аспирантов нашей команды планирует использовать фармакокинетические и фармакодинамические модели и симуляции для анализа несколько перспективных противолейшманиозных соединений. Это позволит нам вычислительно предсказать наличие и распределение соединений в организме человека. Тем не менее, эта оценка будет зависеть от публичной доступности фармакологических данных соединений, а также от качества некоторых предсказаний.
Новость полностью. (англ.)
ru_crunching.В прошлом году мы рассказали вам о прогрессе, сделанным нашей командой в фильтрации результатов расчетов на World Community Grid и выявления перспективных соединений-кандидатов для проверки в лаборатории. С тех пор мы завершили процесс фильтрации и выявили более 100 соединений, про которые моделирование предсказало, что они должны эффективно связываться с целью - белком PDB:3MJY в паразите лейшманиоза. Тем не менее, единственный способ быть уверенным, это переместить эти соединения в тестировании в пробирке. Из-за ограниченного финансирования, мы сосредоточились на 10 соединениях с высоким прогнозируемым рейтингом, и обнаружили, что 4 из них продемонстрировали положительные результаты в тестах в пробирке, а один показывает исключительно перспективный результат. Это означает, что в пробирке соединения убивают паразитов эффективно, не затрагивая клетки человека.
Таблица 1. В результатах пробирке из 4-х лучших выбранных соединений против белка PDB: 3MJY в соответствии со стратегией виртуального скрининга.
Соединение цитотоксичность (LC50) противопаразитарная (ЕС50) Избирательность (IS)
3MJYsZ04 7.5 ± 1.1 1.6 ± 0.3 4.7
3MJYcZ03 >200 19.2 ± 2.3 >10.4
3MJYcZ10 >200 13.4 ± 1.0 >14.9
3MJYcZ01 >200 0.7 ± 1.0 >285.7
Amphotericine B 42.1 ± 2.0 0.04 ± 0.01 1052.5
Соединение 3MJYcZ01 является очень хорошим кандидатом, и будет оцениваться и оптимизировано в дальнейших экспериментах. Результаты этих испытаний станут основой статьи, которую мы в настоящее время заканчиваем и почти готовы послать в академический журнал.
Из-за высокой частоты успеха нашего экрана (т.е. 40% соединений протестированных нами показали хороший результат в пробирке), мы считаем, что было бы очень полезно проверить оставшиеся соединения, которые мы определили в нашем первоначальном экране, и мы по-прежнему ищем финансирование, чтобы сделать это возможным. Кроме того, следующий шаг для соединений, уже испытанных в пробирке, чтобы перейти к тестированию в естественных условиях, и этот процесс требует дополнительного времени и денег. К сожалению, нет Crowdsourced инициативы, как World Community Grid, которые могут поддерживать тестирование в лаборатории!
Поддержка научно-исследовательского сообщества
Еще один важный аспект нашей работы делает результаты доступными для других исследователей, так что мы уже представили наши находки как на национальном так и на международном мероприятии. Кроме того, мы планируем представить полную сводку новостей нашей работы на 3-м Колумбийском конгрессе по вычислительной биологии и биоинформатике, в Медельин, в сентябре 2015 года. Для помощи тем, кто не может присутствовать, мы будем предоставлять доступ к публичной базе данных с соответствующим сродством предсказаний для всех рецепторов и проанализированных соединений, после публикации статьи и экспериментальных проверок некоторых хитов.
Кроме того, один из аспирантов нашей команды планирует использовать фармакокинетические и фармакодинамические модели и симуляции для анализа несколько перспективных противолейшманиозных соединений. Это позволит нам вычислительно предсказать наличие и распределение соединений в организме человека. Тем не менее, эта оценка будет зависеть от публичной доступности фармакологических данных соединений, а также от качества некоторых предсказаний.
Новость полностью. (англ.)
